以石英纤维等各种隔热材料。外层蒙皮的抗辐射特性和隔热层良好的隔热特性，可以保证舱内有适宜的工作温度和辐射安全性。
人类在深空飞行会遭受包括失重、粒子辐射、弱磁及心理适应等多重危害，除失重外，粒子辐射危害也是需要考虑的重要部分，为此各舱段外壳内部还敷设线圈，通电后可以产生磁场，类似于地磁场，可以使宇宙射线发生偏转，保护战舰内部免受宇宙射线的轰击。
外壳中增加一层等离子体层，等离子体流动能够形成类似环电流的结构，可以额外增强磁场。等离子体设计成绕着轴线旋转，这样等离子体与磁场作用叠加，可以形成复合磁层。能对太阳风等高能带电粒子进行吸收或偏离，实现对战舰的防护。
偏转磁场和等离子体层就构成科幻小说中常见的电磁防护罩，它们需要消耗工质和大量电能。当然这还不是防护战舰免受强大电磁或激光攻击的电磁护盾，那需要极高的能量，土行孙号暂时还做不到。
这些措施对电磁信号有很强的屏蔽作用，所以为了避免影响战舰通信，就将通信天线和相控阵雷达伸出舰体老远，从远处看就像是舰里长出来一些大叶子。这收到了意想不到的效果，就是使战舰看起来更像是胡萝卜了。
可以想象一下，太空中很多胡萝卜游来游去……感觉有点怪异。所以有人觉得战舰更像是墨鱼，墨鱼游来游去才合理啊。所以这些战舰因此也被昵称为大墨鱼。
好在太空中没有空气阻力，这些突出物不太会影响飞行动力，但它们毕竟有很大的质量，而有质量就有惯性，所以在急转弯时还是会有一定影响。当然一般也不会有急转弯。另外它们还会影响战舰的隐身性，不过太空中哪有什么敌人，所以隐身问题通常不予考虑。
土行孙号的前中后各有一组出入口，前部的出入口供人员使用。穿梭机完成对接后，乘员从穿梭机有序进入土行孙号。其中包括来自飞云洞的刘一鸣和姚兴国，来自配套单位的23名保障人员，以及前来接舰的两位六舰队武官。
姚兴国是飞云洞的交付主管，是此次交付活动的主要负责人，他陪同两位武官走在前头，其他保障人员跟在后面，刘一鸣和石恒生带着金属玻璃储物箱走在最后。
从这个口进去就是战舰乘员的生活舱。
战舰由8个主要舱段构成，各舱段功能不同：
最前端是突出的传感器，然后是复合材料护盾，用于抵挡行进中遇到的各种太空尘埃和辐射。
1号舱是指控舱，指挥者们在这里对飞行和作战进行指挥。
2号舱是生活舱，是舰载人员的寝室，这里发动机的噪音和辐射较小。有对外的开口（前出口/人员出口）。
3号舱是训练和活动舱段，无任务人员可以在这里训练、娱乐和活动。训练舱配有应急动力装置，一旦武器舱发生爆炸，可以把后面4个舱甩掉，轻装前进。
4号舱是菜园子，里面有各种绿植和蔬菜，以蔬菜为主，可以供应少量的新鲜蔬菜和氧气。
5号舱是物资舱，存储有战舰生活所需要的粮食、淡水、脱水蔬菜等生活物资。有对外的开口（中出口/物资出口）。
6号舱是垃圾和粪便的处理舱，在物资舱的后边，大约占1/3的空间。小便处理后用于菜园子种菜；大便首先是脱水，然后装袋密封，到达行星后投入大气层焚烧。
7号舱是太空雷的武器库，可以在控制室释放太空雷，完成布雷任务。有对外的开口（后出口/武器出口）。
8号舱是动力舱，配装有两台核聚变反应堆，尾部是两台等离子发动机，舱外是一个辅助动力环，上面安装有4台减速发动机和4台自转发动机，发动机的推力较小。
前面4个舱段是人员活动区；后面4个舱段是载荷区，一般情况下人员不过去，对其中载荷的操作要么是电脑自动控制，要么是人工在控制室控制。因为发动机在最后，所以前客后货是载人飞船通行的配置方案。
飞船的中央是一根巨大的灯管，从尾通到头，由尾部的二次电源供电，灯光刺眼不敢直视，不但发光而且发热，简直就是一个长柱型的小太阳。
有趣的是，它能根据时间模拟地球上太阳光线的变化，早晨傍晚偏红，中午偏白。到了晚上它则变成了凉凉的白色月光，有时候一觉醒来恍然如同地球，给了漂泊在外的太空战士最好的慰藉。
生活舱在战舰的中前部，环绕着整个战舰，房间一间一间的连在一起，共四排，有200间之多。这些房间也是分区的，沿着圆周方向共分为8个区，好像八卦的样子。
各区之间是厨房、餐厅、水房、洗衣房和小超市（胜利超市）等生活服务设施，以及健身房、医务室和活动区等健康娱乐设施，1区2区之间有个比较大的多功能厅，还有个小型的电影院。
房间大小都一样，但住的人数不同。一般情况是，部长以上干部住单间，女兵住双人间，保障人员和普通战士三人住一间。三人间里面是三张双层床，下层住人，上层放仪器设备、行李或者杂物。
原则上同一部门的人住在一起，例如首长住在第1区，损管部住在7区。舰里