位后醍醐天皇的统治并未维持太久，仅仅两年之后，便在被其曾经的支持者足利尊氏起兵推翻，在京都另行拥立了一名傀儡皇帝，从此进入室町幕府时代。
但室町幕府统治下的两百多年间，日本一直内战不断，形成了诸多国中之国的地方割据势力，直到1590年才由丰臣秀吉完成了国内统一大业。
不过丰臣秀吉也没能享几年福，1598年病死于京都伏见城后不久，德川家康便很快起兵取而代之，德川幕府也由此成为了迄今的第三个幕府时期。
纵观历史，皇室的力量已经被削弱到不足以对幕府造成直接威胁的程度，但任何野心家都可以用扶助皇室为由，发起对现任幕府的颠覆活动。德川家不是第一个尝到甜头的人，当然也极有可能会成为别人的目标。
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