仪式之后，海汉民团部队开始登船出发。而许心素所带领的明军因为是从中左所出发，而且船只航速要慢于海汉船队，所以是要比海汉这边提早了两个时辰出发，这个时候正好驶抵金门岛海域。
两只舰队在金门岛附近完成了海上会合，不过由于船只众多，编队的时间也稍长了一些。直到上午八时许，联合舰队才完成了基本的编队，开始向着东方驶去。
而与此同时，澎湖马公港内则是一片混乱状态。虽然十八芝所拥有的海船数量众多，但要一次运走几万人依然是很难办到的事情。作为先头部队的一千多名海盗已经在两天前出发，而今天要离开澎湖的则是包括一千二百多艘大小船只，需要运载超过两万人及所需物资的主力船队。
尽管十八芝从上个月就已经开始在整理物资做出逃的准备，但这么大规模的行动要集中在短时间内完成，以十八芝的组织能力来说仍然是一个不可能完成的任务。各种物资在港口堆积如山，而排队准备登船的人流和物资夹杂在一起，码头上负责指挥调度的人员又难以协同进行，导致了人员登船和货物装船的速度都大受影响，乱七八糟挤成了一团。