证，查无实据后，内臣复命。
穆宗下诏，复傅应嘉前职，诏书已到三日，傅应嘉尚未知闻，在家愤懑难谴，郁郁寡欢，对亲友说：“大丈夫不能战死沙场，马革裹尸，今日死于谗谄之手，天也。”
忧忿自弃，英年早逝，朝野闻讯，皆扼腕痛惜。
嘉靖四十年，闽粤一带倭寇猖獗横行，无恶不作。
当时，应嘉任把总，被派去参加剿倭斗争。
他同戚继光、俞大猷并肩作战，战功累累。
应嘉身历七十余战，在每次战斗中，总是身先士卒，冲锋在前，“故有"俞龙、戚虎、傅蛟龙"之号”（《南安县志》），其威震撼闽粤。
有一次，应嘉率领一队士卒夜袭倭寇营寨。至敌营营外时，他独自一人潜入敌营，刺杀敌哨兵，并找到敌营的大战鼓，用短剑截开一面鼔皮，翻转战鼓，猛力敲击另一面。
倭寇闻鼓声，从睡梦中惊醒，以为大军淹至，不及穿戴，便狼奔豕突自相残杀，死伤不计其数。
而应嘉却安然潜坐于鼔中，民谣戏称：“鼓手升都司”。
嘉靖四十三年，海盗吴平乘倭乱之机聚众数万，在广东惠州、潮州一带骚扰、行劫。明世宗命应嘉前往剿除。
应嘉麾师至粤东，与吴平在滨海鏖战。
为彻底征服吴平一伙海盗，应嘉效三国孔明七擒孟获，七擒七纵贼首吴平。
吴平诚服远遁，粤东一带旋得安宁。
应嘉一生为官廉政。
应嘉逝后，朝廷赐其棺横扛竖葬（棺木横扛，遇有阻物，即行拆除，可敲诈民财），意让其子孙聚敛钱财。
但他的儿子秉承父风，不忍侵扰百姓，把他的棺木直接从金门（应嘉当时驻金门岛）海运入晋江，葬于金溪南岸（今金山村）。