祀事件在世界各地频繁发生，各地开始频繁上报难以解释的神秘事件。
而当地警方对此束手无策，只能按照一般的杀人案件来处理。
世界似乎在朝着另一个难以预料的方向发展。
为此，国际官方紧急成立了神秘事务署，由九天使组织牵头，负责紧急处理全世界发生的各类神秘侧事件。
不过尽管如此，人手依旧远远不够。
毕竟原本九天使组织只是一个拥有官方背景的民间组织，现在彻底变成了官方组织，处理的事件也要比以前复杂得多。
……
又是一个月之后的某天下午，智博侦探事务所迎来了两位客人。
其中一位是九天使组织的高层吕克·维利耶，另一位是羽田康晴。
亲自解决掉杀死儿子的凶手朗姆，羽田康晴的气色也恢复了不少，只不过从此以后要彻底借助轮椅才能移动了。
不过二人今天前来，并不是来叙旧的。
“我们来是想邀请你出任神秘事务署的日本区负责人。”
“我们相信只有你的丰富经验和能力，才能够胜任此职务。”
关于神秘事务署的成立，秦智博早就得到了消息。
这个日本区负责人只是暂时的职称，因为这个官方组织也才刚刚成立不到一个月，具体的职务称谓还没有定下来。
但这个职务的地位大概等同于之前的羽田康晴。
这时，羽田康晴也说道：“我老了，已经干不动了……”
“能够交接这份工作的，想一想也只有你了。”
最终，秦智博同意加入。
毕竟如果按照乌丸莲耶最后所说的，克苏鲁是因为自己的行为才导致暴走，那么造成今天的局面也有自己的一部分责任。
只不过秦智博也提出了自己的条件。
如果让自己加入也可以，那么工藤优作也要一起加入。
毕竟现在不是拥有系统的时候了，在管理和统筹方面上的经验，还需要真正拥有此项才能的人来负责。
数天后，羽田康晴传来消息。
工藤优作也同意了。
……
另一方面，灰原哀在获得从宫野艾莲娜那里拿到的配方后，加班加点进行研究。
终于在一年之后的某天，将APTX-4869永久解药研制了出来。
那天，柯南和毛利兰一起出现在了阿笠博士家。
经历了这一年的时间，柯南不仅在修学旅行期间，与毛利兰在京都清水寺一吻定情。
柯南还将自己被组织暗害，导致身体变小的事情向毛利兰主动坦白了。
毛利兰知道后，只是愣了一阵，便恢复了平静。
“你能安全回来就很好啊~”
“真是的，你看都看了，我还能怎样啊？”
“算了，看在你主动坦白的份上就不计较这些了……”
毛利兰是这样说的。
这一天，当柯南拖着变大的身体从更衣室走出来的时候，服部平次、黑羽快斗站在门边两侧，拉响了礼花。
啪！
啪！
“欢迎回来——！”
工藤新一的诸多亲人朋友站在两边，掌声不断。
而在道路的尽头，是毛利兰。
工藤新一径直向着毛利兰的方向走去。
当他来到毛利兰的面前，突然单膝下跪，原本空无一物的掌心变出了一枚戒指。
“小兰，请你嫁给我。”
毛利兰被这突如其来的求婚吓得捂住了嘴巴，一脸不可置信地看着面前的竹马。
当着这么多人，多羞啊！
新一真是的……
但是经过了短暂的心理斗争，毛利兰还是点头答应了。
“嗯。”
毛利兰羞涩地点了下头，任由那枚象征着订婚的戒指套在了手指上。
……
一个月后，工藤新一和毛利兰以优异的成绩成功考上了东都大学。
考试结束后，二人便火速举办婚礼。
婚礼那天非常热闹，前来参加婚礼的宾客络绎不绝。
警察界里比较熟悉的是目暮十三、高木涉、佐藤美和子、白鸟任三郎、松本管理官、黑田兵卫等，以及毛利小五郎在警察时期的一群老朋友。
值得一提的是，高木涉与佐藤美和子也在前不久刚刚完成订婚仪式，准备找个二人都不忙的日子就结婚。
文艺圈比较知名的有冲野洋子、TWO-MIX、剑崎修、雨城琉璃。
毕竟是曾经的日本顶流女星藤峰有希子儿子结婚，日本娱乐圈的半壁江山，以及美国的部分影星都来捧场了。
只不过即便是有冲野洋子，也安抚不了毛利小五郎的那颗即将送女儿出嫁的老父亲之心。
只有毛利英理在旁边不断地进行安慰。
而在宴会厅不起眼的角落里，一位消失许久的美国女明星刻意压低礼帽，望着远处的一对新人，嘴角微微一笑。
而商界的代表人物自然是铃木财团的会长，铃木史郎。
铃木园子也带着京极真找到了小兰。
“真是羡慕你啊小兰，这么年轻就有着落了。”